Desde que você tenha dovecot, você pode fazer isso com doveadm (1).
Por exemplo, excluindo os emails salvos na pasta Lixeira do usuário antes de 30 dias:
doveadm expunge mailbox Trash savedbefore 30d -u <user>
Você pode usar o sinalizador -A para todos os usuários e, se quiser verificar primeiro os e-mails correspondentes, use os comandos search / fetch - consulte doveadm-search (1):
doveadm search mailbox Trash savedbefore 30d -u <user> |
while read guid uid; do
doveadm fetch -u <user> body mailbox-guid $guid uid $uid > msg.$uid
done