Diferença entre "pré-compilado" e "não pré-compilado", é que as páginas do site "não pré-compiladas" serão compiladas dinamicamente na primeira solicitação para cada uma dessas páginas pelo compilador .net (csc.exe / vbc.exe, você pode realmente vê-los pop-up na guia de processos do gerenciador de tarefas). Assim, cada página terá um tempo de tempo de compilação, embora geralmente seja insignificante. Se o seu site também tiver arquivos de código no diretório / app_code, eles serão compilados antes da inicialização dos sites, portanto, a inicialização deve ser um pouco mais lenta que a versão "pré-compilada". Ou seja, se o elemento de compilação do seu site "não pré-compilado" no web.config tiver o atributo "batch" definido como false, caso contrário, ele gastará tempo compilando todas as páginas logo na inicialização, o que pode demorar muito dependendo do tamanho do seu local. Elemento de compilação (Esquema de configurações do ASP.NET)
Depois que os arquivos / app_code e, por exemplo, default.aspx forem compilados no site "não pré-compilado", não haverá diferença no desempenho real entre os dois.
A redefinição do IIS ou uma reciclagem do pool de aplicativos também não mostrará diferenças, pois após a implantação de uma e a execução de ambas, os dois sites são compilados. A redefinição do pool de aplicativos / redefinição do IIS não causará uma recompilação do site "não pré-compilado", apenas alterando arquivos / reimplantação.
Dê uma olhada Entendendo a compilação dinâmica do ASP.NET , é importante entender o que isso faz para comparar os dois.