Primeiro, sua conclusão de que há dois processos cron está errada. Há um cron e um grep em sua saída.
Em seguida, você diz que o arquivo citado está no seu crontab raiz. O que você citou diz que está em /etc/crontab . Então, é que o conteúdo de /etc/crontab ou crontab -l -u root ? Essas são duas coisas distintas.
Se são ambos, bem, então você está dizendo para executar essas coisas em um lugar e depois em outro lugar, então duas vezes. Você provavelmente quer remover tudo do crontab do root.