O Certmgr.msc é um snap-in do MMC. O MMC é simplesmente o shell da GUI do Windows para a maioria dos snap-ins administrativos e até mesmo não administrativos. Os snap-ins carregam funcionalidades diferentes para trabalhar com diferentes partes do sistema ou da rede. Você pode criar modos de exibição personalizados do MMC que carregam vários snap-ins de uma só vez. Se certmgr.msc estiver exibindo resultados diferentes do que quando você carrega a janela do MMC, é muito provável que ele não esteja apontando ou carregando do mesmo local.
Mais sobre o MMC com referências: link
Aqui está uma postagem do SuperUser que fala sobre como alterar o contêiner certmgr.msc: link