É improvável que a AWS reinicie sua instância. Eles dão a você todas as ferramentas para monitorar e reiniciar instâncias, de modo que elas deixem para você. Eles podem enviar um e-mail se você precisar fazer algo.
Você não deve perder dados do disco do EBS se o hardware do EC2 falhar, mas o EBS não é tão robusto quanto o S3. Há uma chance de você perder seu disco EBS, então você precisa de backups ou snapshots (eu faço ambos, backups usando Attic e Dropbox). Você deve estar fazendo instantâneos regulares, que são armazenados no S3 e são muito mais duráveis. O primeiro instantâneo é grande, os subsequentes são diferenciais, portanto use relativamente pouco espaço.
Você pode criar um alarme no CloudWatch que reinicialize sua instância se o StatusCheckFailed for gerado. A documentação com instruções passo a passo é aqui .