Você deve ativar o log de consultas lentas e ver quais consultas levam mais tempo. Isto pode ser conseguido usando
log_slow_queries = /var/log/foo.log
long_query_time = 5
Ajuste o long_query_time às suas necessidades.
Uma segunda opção é usar o mytop e ver as consultas enquanto elas voam. Mas eu recomendo ir a rota de consultas lenta log. Se você quiser requisições / segundas métricas, você deve habilitar o arquivo de log binário por um tempo (digamos um dia) e então executar algo como link nele .