Sites diferentes fazem coisas diferentes; se você tiver um sistema de backup em vigor e um plano de recuperação de desastre que esteja completamente documentado, e seus arquivos de configuração estejam configurados corretamente, onde você colocará os arquivos não importará.
"Padrões" ... há tantos deles que é um nome estúpido. Existem típicos sites, mas até isso varia de acordo com a distribuição e o servidor web.
No final, se você o documentou e fez o backup corretamente, isso não deve ser um problema. Faça o que melhor se adequar ao seu negócio / fluxo de trabalho e não se preocupe com isso.