As portas UDP e TCP são atribuídas pela IANA. Os que estão abaixo de 1024 são considerados "os portos conhecidos" e não devem ser usados para outra coisa que não seja a finalidade declarada (sem um bom motivo). O resto é um jogo bastante justo: basta informar seus usuários para qual porta se conectar e manter alguma documentação para o seu site.
Existe um intervalo que é "não-registrável" (49152–65535) - Este é o aplicativo do pool que deve ser usado quando precisar abrir uma conexão, mas também está disponível para você use para qualquer propósito que você queira.
A Wikipédia possui uma página com uma versão pretensiosa da listagem de portas . Você também pode encontrá-lo em /etc/services
na maioria das máquinas Unix.