Existem algumas ferramentas gratuitas que vão fazer isso, eu tive que fazer a mesma coisa ontem (aliás também por um problema relacionado ao SharePoint) e uma rápida pesquisa no Google revelou uma série de opções. Pessoalmente, não tenho nenhuma experiência com nenhum deles ou com os desenvolvedores que os criam, por isso não farei nenhuma recomendação aqui.
O que acabei fazendo foi usar o Powershell para auditar as permissões. Você não menciona qual versão do Windows está usando, por isso não sei se você o instalou automaticamente ou não (se não, você pode fazer o download e instalá-lo). Mas eu encontrei um script aqui para auditar permissões em vários servidores, que eu adaptei para uso em apenas um.
Se você quiser escrever seu próprio script para fazer isso (o Powershell é fácil, não é preciso muito para escrever scripts muito básicos), você pode ler o cmdlet Get-ACL aqui
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