Esta postagem no blog de Brent Ozar é muito bom para o lado do SQL. Eu uso o conselho aqui como ponto de partida para monitorar meus servidores. O desempenho também tem estatísticas de espera para cada instância, para que você possa comparar facilmente o desempenho de suas instâncias.
O Activity Monitor no SQL Server Management Studio também é útil para examinar as instâncias individualmente. Eu gosto de comparar os principais tempos de espera cumulativos das minhas instâncias com os dados do Perfmon para tentar ver onde tenho problemas.
O post do Brents tem alguns conselhos muito bons para começar e se você vir algum problema a partir daí, pode começar a investigar mais detalhadamente os contadores específicos. Se você tiver algum tempo, assista ao vídeo no post do blog, assim como eu peguei algumas outras informações que não estão no texto.