Quais pacotes do Nagios você instalou? Nas minhas caixas do CentOS 5.4, a configuração do Nagios está em /etc/nagios . Dê uma olhada lá. O nome do arquivo é /etc/nagios/nagios.cfg
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No lado remoto, você precisa de uma entrada no nrpe.cfg que pareça com command[something]=/some/path/to/command/binary . Então, no host Nagios, você faz o seu define service { } . A parte importante é que o comando a ser executado será parecido com check_nrpe!something , em que something é o mesmo que o de nrpe.cfg .