Robocopy é um utilitário de cópia incluído nas versões recentes do Windows (anteriormente era uma ferramenta de kit de recursos que você precisava baixar). Ele copiará seus arquivos e as ACLs quando determinados switches estiverem ativados.
Para copiar uma árvore de pastas inteira com segurança da unidade antiga para a nova, você executaria o seguinte comando em um prompt de comando ou na janela do powershell com direitos de administrador:
Robocopy \source \destination /MIR /SEC /ZB
Você também pode executar o Robocopy de uma maneira que apenas aplique segurança a arquivos sem copiar dados.
Robocopy \source \destination /SECFIX
Para obter mais informações sobre o Robocopy, você pode examinar as seguintes fontes:
link - Explicação dos switches da linha de comando do Robocopy
link - Explicação da opção / SECFIX