Depende. Se é realmente um arquivo temporário, tudo bem.
Existem duas situações em que pode diminuir a máquina (ou pelo menos prejudicar a operação):
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Não há limite e você preenche o disco raiz. Isso é ainda mais um problema se / var for a mesma partição / partição.
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É RAM e não há limite, então você usa toda a RAM na máquina.
Mas, em geral, o ponto é como um local para os usuários armazenarem arquivos temporários (ou seja, aqueles que podem ser excluídos pelo administrador ou desaparecerão se a máquina for reinicializada).