Isso soa como o trabalho do File System Redirector para mim. Você está rodando em um sistema operacional de 64 bits?
Por exemplo, quando você faz uma chamada para C: \ Windows \ system32 \ dnscmd.exe em um SO de 64 bits usando o PowerShell (x86), isso será redirecionado para C: \ Windows \ SysWow64 \ dnscmd.exe. O redirecionamento ocorre no ponto em que a pasta é acessada, portanto, mesmo que você forneça explicitamente o caminho para o executável, ainda será desviado. Isso pode ser desabilitado no thread atual por meio de chamadas para APIs nativas do Windows ou pode ser evitado através do uso de determinadas variáveis e aliases.
Mais informações aqui: link