splunk
Eu acho que sua melhor opção é provavelmente usar o Splunk, já que você está em um ambiente misto. Depende de quanto você deseja registrar e se pode pagar. Se você é seletivo sobre o que você deseja registrar, você pode ser capaz de escapar de graça.
OSSEC
Embora não seja EXATAMENTE o que você está procurando, o OSSEC agregará todos os seus registros a um único servidor com uma quantidade bastante pequena de configuração. O OSSEC também pode se integrar ao Splunk, o que o torna ainda mais interessante. Aqui está um trecho de sua home page:
OSSEC is an Open Source Host-based Intrusion Detection System. It performs log analysis, file integrity checking, policy monitoring, rootkit detection, real-time alerting and active response.
Role seu próprio
Esta parece ser uma postagem mais antiga, mas pode ajudar mesmo assim:
Você também pode dar uma olhada em uma pergunta anterior que eu respondi aqui sobre envio de arquivos de log com segurança para o syslog-ng. (pelo menos para o lado do Linux):
Como você enviaria o syslog * com segurança * a Internet pública?
Espero que isso ajude.