SELinux ou Apparmour são as formas mais sérias de alcançar um nível realmente alto de segurança, e não apenas para aplicativos da web. Eles não são simples, no entanto, muitas distribuições modernas fizeram muito para integrá-los, Redhat / SELinux e Ubuntu / Apparmour (com este último considerado "mais fácil" de manter).
Se a segurança é algo que você quer examinar seriamente, eu recomendo começar com eles o mais rápido possível!