Faça login no portal godaddy.com e edite o domínio para o qual deseja alterar as configurações de DNS (Você está procurando pelo gerenciador de domínio).
No resumo do host (canto inferior esquerdo) é onde você precisa adicionar as entradas para ns1 e ns2 junto com seus endereços IP.
Em seguida, vai demorar um pouco para que tudo seja replicado, para que você possa apontar outros domínios para esses nomes.