Descobri isso de qualquer maneira!
Basta descobrir onde o php & binários mysql residem (/ user / bin ou / user / sbin) e os copiam para o diretório chroot relativo. Então, quando você executar o comando php do usuário chroot, receberá um erro dizendo such and such a libary is missing , então você só precisa encontrar essa libaray e copiá-la para o diretório chroot relativo e continuar assim até que bibliotecas dependentes foram copiadas.