Eu não acho que exista um módulo para limitar as conexões por tempo por IP. Mas você deve jogar um pouco com limitipconn e mod_cband ... provavelmente juntos podem fazer isso. Ou você pode usar o limitipconn com o iptables.
Para fazer isso provavelmente você deve usar o iptables:
iptables -A INPUT -p tcp --dport 80 -m state --state NEW -m limit --limit 1/minute -j ACCEPT
Eu não testei esta regra, é apenas uma dica para o que você deve procurar.
Se você usar o iptables, deverá ter 2 ip's e hosts virtuais diferentes para o seu site principal e sua seção de documentos, para limitar apenas o ip (host virtual) para documentos.
Atenciosamente