Você remove os arquivos que foram instalados manualmente, usando o comando rm .
(Se você não sabe quais arquivos você precisa remover algumas vezes, isso ajuda a make install novamente e procura os arquivos que foram atualizados - você provavelmente se tornou uma bagunça).
A próxima vez que você precisar criar um ambiente de teste, você deverá pensar e planejar a eventual remoção desse ambiente (por exemplo, usando --prefix=/usr/local/apache-test quando executar configure , para que todos os arquivos instalados estejam convenientemente sob um diretório ).
Isso requer um pouco mais de trabalho de sua parte, mas é menos provável que faça uma bagunça em seu servidor.
Uma solução melhor seria usar a jail funcionalidade do FreeBSD para confinar totalmente seu teste meio Ambiente. Isso tem uma curva de aprendizado mais acentuada (e usa muito mais espaço em disco), mas é a coisa certa em termos de isolamento / contenção.