but for sure bind configuration was not altered. It was upgraded though using apt.
A atualização do mecanismo principal é suficiente para que as coisas não funcionem, mesmo que a configuração não tenha sido alterada!
Como mencionado aqui :
In versions of BIND prior to (and including) BIND 9.4.1, the default behavior of BIND servers was to allow recursion for all clients (unless otherwise specified.)
Portanto, você deve permitir explicitamente a recursão, pois ela é necessária para fazer com que os remetentes funcionem:
allow-recursion { any; };
Para manter o mesmo comportamento que você tinha anteriormente, sugiro adicionar essas diretivas ao bloco options { ... }
:
allow-recursion { any; };
allow-query { any; };
allow-query-cache { any; };