Se você rejeitar o pacote, você responderá ao SYN recebido com um pacote RST, para que o scanner saiba que a porta está fechada (via rejeição ou porque nenhum serviço está sendo executado nessa porta).
Se você soltar os pacotes, o scanner aguardará, e após algum tempo (timeout), ele assumirá que os pacotes foram descartados (embora, eles possam ser perdidos em trânsito, ou a máquina na extremidade distante esteja inativa ou qualquer outra coisa poderia acontecer, que acionaria um cenário sem resposta).