As configurações do PureFTP são um pouco estranhas. Você deve ser capaz de definir o tempo limite adicionando um arquivo chamado "MaxIdleTime" dentro do diretório conf. O conteúdo do arquivo deve ser o número de minutos que você deseja definir o tempo limite. Depois basta reiniciar o seu servidor.
echo 10 > /etc/pure-ftpd/conf/MaxIdleTime