Sim, você pode transferir arquivos entre servidores FTP sem ter que agir como um proxy para os dados.
Ele é chamado de FXP e o servidor ftp (muitos têm que) suportá-lo. Você pode ler sobre FXP aqui e lftp (linux) e coreftp, flashfxp etc no Windows .. São clientes que você poderia usar para FTP-FXP.