I'd need this to be transparent
recurso ZFS-on-Linux × chamado "deduplicação on-line".
UPD. : Eu releio sua pergunta mais uma vez agora e parece que Aufs pode seja de ajuda para você. É uma solução muito popular para ambientes de hospedagem. E, na verdade, também posso mencionar o Btrfs sozinho - o padrão é que você tenha algum sub-volume de modelo que captura instantaneamente toda vez que precisar de outra instância. É COW, portanto, apenas blocos de arquivos alterados precisariam de mais espaço. Mas lembre-se, o Btrfs é, ergh… bem, não muito estável de qualquer maneira. Eu o usaria em produção somente se os dados nele estiverem absolutamente certos para ir embora.