Se você não está planejando usar o APC, isso pode ser removido com segurança da configuração do PHP.
Primeiro, encontre o arquivo php.ini e edite-o.
Encontre "apc" no arquivo php.ini, você deve encontrar uma linha parecida com esta:
extension=apc.so
Você pode comentar essa linha adicionando um ponto-e-vírgula à frente, por exemplo
;extension=apc.so
Se você não encontrar a referência "apc.so" no arquivo php.ini, ela poderá ser incluída em um arquivo separado. Você poderia localizá-lo procurando a string "apc.so" dentro de todos os arquivos no seu servidor, ele deve estar lá em algum lugar!
Apenas comente essa linha e reinicie o Apache.