Vá para chrome: // apps, clique com o botão direito do mouse no aplicativo que você deseja abrir em sua própria janela e marque a opção "abrir como janela".
Após uma certa atualização do Google Chrome (por volta de julho), os atalhos do aplicativo Chrome (Gmail, Google Agenda, Reproduzir música) no iniciador de unidade não abrem mais em sua própria janela, eles são abertos em uma guia no navegador Google Chrome completo. Alguma correção? Estou executando o Ubuntu 15.04.
Vá para chrome: // apps, clique com o botão direito do mouse no aplicativo que você deseja abrir em sua própria janela e marque a opção "abrir como janela".