Backup
Existem vários utilitários que você pode usar para pré-formatar backups.
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fwbackups, Bacula, Rsync etc
Segurança
A AWS tem algumas medidas de segurança excelentes disponíveis para manter o acesso à sua conta da AWS segura.
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AWS Multi-Factor Authentication (AWS MFA) provides an extra level of
security that you can apply to your AWS environment. With AWS MFA
enabled, when a user signs in to an AWS website, they will be prompted
for their username and password (the first factor – what they know),
as well as for an authentication code from their AWS MFA device (the
second factor – what they have). Taken together, these multiple
factors provide increased security for your AWS account settings and
resources.
Arquitetura do servidor
Se você deseja criar uma solução escalonável com a AWS, geralmente é uma boa ideia manter dados exclusivos (como o código-fonte, recursos do site, registros do servidor, uploads) fora do EC2.
Além disso, se você decidir descer a rota DevOps e configurar seu EC2 por meio de código, você pode acabar com a necessidade de fazer backup de um EC2 completamente.
Tudo a partir da configuração do servidor, logs do servidor, código, uploads, etc. viveria fora dos próprios EC2s.