O MOTD pode ser impresso por sshd ou pelo PAM. É possível que ambos estejam fazendo isso.
Verifique seu /etc/ssh/sshd_config para o seguinte:
PrintMotd yes
Se essa linha não estiver presente, pode ser que o padrão seja yes (embora o Debian / Ubuntu mude o padrão para no ).
Verifique sua configuração do PAM em /etc/pam.d/ para o seguinte:
session optional pam_motd.so
Tente desativá-los de cada vez para ver o que muda.