em centos6 /etc/php.ini deve ser o local, certifique-se de que ele não esteja definido várias vezes no arquivo.
Por padrão, há a descrição da tag em uma seção "Referência rápida":
; short_open_tag
; Default Value: On
; Development Value: Off
; Production Value: Off
não adicione a tag como é definido posteriormente em uma seção "Opções de idioma" (que substituiria sua configuração):
; This directive determines whether or not PHP will recognize code between
; <? and ?> tags as PHP source which should be processed as such. It's been
; recommended for several years that you not use the short tag "short cut" and
; instead to use the full <?php and ?> tag combination. With the wide spread use
; of XML and use of these tags by other languages, the server can become easily
; confused and end up parsing the wrong code in the wrong context. But because
; this short cut has been a feature for such a long time, it's currently still
; supported for backwards compatibility, but we recommend you don't use them.
; Default Value: On
; Development Value: Off
; Production Value: Off
; http://www.php.net/manual/en/ini.core.php#ini.short-open-tag
short_open_tag = Off