É importante entender o seguinte:
Seu programa .exe
é não um programa FORTRAN, é um executável do Windows, e nem o compilador Bash nem o FORTRAN o entenderão.
Quando digo que não é um programa em FORTRAN, eu realmente quero dizer .
Poderia ter sido uma listagem FORTRAN no computador de algum engenheiro, mas uma vez compilada, é indistinguível (*) de um executável do Windows construído em BASIC, Pascal ou C ++.
Portanto, o caminho a seguir é carregá-lo em um emulador do Windows - Wine, por exemplo:
$ wine yourprogram.exe
É claro que você também pode executá-lo em uma máquina virtual do Windows usando o VirtualBox ou o ambiente de virtualização de sua escolha.
Se você pode obter os fontes FORTRAN (e não é excessivamente complexo ou dependente de bibliotecas específicas) você pode querer tentar compilá-lo no Linux.
(*) Isso não é inteiramente correto, mas essa é a essência dele, a menos que você queira se aprofundar nos tópicos de engenharia reversa e descompilação :)