zip opera a partir do diretório de trabalho atual. Se você tiver que retornar ao diretório de trabalho do qual você partiu, isso também pode funcionar.
Tente:
cd /path/to/my
zip -r zipfile.zip files/
cd -
Eu estou tentando usar o comando zip -r para compactar uma pasta que inclui dois arquivos. Eu preciso passar o caminho absoluto da pasta com dois arquivos (/path/to/my/files/) , o que está fazendo com que todas as pastas sejam compactadas com ele, pois como eu só preciso da última pasta (files/) e seu conteúdo seja zipado, para que quando o arquivo é descompactado, há apenas uma pasta e os dois arquivos dentro dela. Como posso modificar o comando para poder passar os caminhos absolutos nos argumentos, mantendo apenas a última pasta?