Caso seja útil para qualquer pessoa, os arquivos são deletados quase que imediatamente, e é por isso que você não pode vê-los via ls (a menos que você execute ls na segunda direita). Se você deseja ver os arquivos sendo criados e excluídos pelo APC no diretório especificado por apc.mmap_file_mask, é possível usar inotify-tools para monitorar a atividade do sistema de arquivos nesse diretório.
Basta instalá-lo e mudar para o diretório apc.mmap_file_mask e executar o seguinte comando. Se outros processos usarem esse diretório para outras coisas (como no caso de / tmp), você poderá enviar a saída para grep e procurar parte do nome do arquivo que corresponda à sua configuração mmap_file_mask, como 'apc.'
/usr/bin/inotifywait -mr -e attrib,create,delete,modify,move --format '|%w/%f| %e %T' --timefmt '%Y-%m-%d-%H-%M-%S' .
#example output:
Setting up watches. Beware: since -r was given, this may take a while!
Watches established.
|.//apc.wi3mjq| CREATE 2014-07-09-20-59-01
|.//apc.wi3mjq| MODIFY 2014-07-09-20-59-01
|.//apc.wi3mjq| DELETE 2014-07-09-20-59-01
|.//apc.EQs3Up| CREATE 2014-07-09-20-59-01
|.//apc.EQs3Up| MODIFY 2014-07-09-20-59-01
|.//apc.EQs3Up| DELETE 2014-07-09-20-59-01
|.//apc.IpNU5o| CREATE 2014-07-09-20-59-01
|.//apc.IpNU5o| MODIFY 2014-07-09-20-59-01
|.//apc.QnNU5o| CREATE 2014-07-09-20-59-01
|.//apc.QnNU5o| MODIFY 2014-07-09-20-59-01
|.//apc.QnNU5o| DELETE 2014-07-09-20-59-01
Como uma observação, este truque funciona também para ver a atividade de tabela temporária no tmpdir do MySQL.