Atualmente, estamos usando um wiki (Confluence) para rastrear essas informações, como:
O problema é que um wiki não dimensiona muito bem para editar dados estruturados.
Existe uma alternativa gratuita para isso (não procurando soluções comerciais complexas), de preferência uma que permita a autenticação LDAP.
Observação: sei que o Google Docs pode ser outra alternativa, mas isso está fora das perguntas, pois está hospedado fora do ambiente corporativo e não há uma maneira clara de garantir o acesso à tabela.
Provavelmente, preciso disso para gerenciar menos de 100 máquinas, mas claramente mais de 20 máquinas e um número maior de aplicativos.