O certificado SSL é emitido para o que o usuário digitar no navegador.
Se o usuário digitar www.example.com , você precisará de um certificado para "www.example.com"
Não importa como o DNS procura o servidor, CNAME, registros A, seja o que for.
O certificado é instalado no servidor da web. Haveria apenas um no cenário que você descreveu.