Acontece que a CPU não estava resfriando adequadamente, e isso não foi relatado para o sistema operacional, nem de forma alguma fez o sistema desligar.
Durante a compilação, as CPUs se esgotaram rapidamente em 100C. A execução de sensors
mostrou que o limite crítico da CPU era de fato 100C. Depois de desmontar o cooler, pude ver que apenas um pequeno pedaço de pasta térmica tocara na CPU!
Após reaplicar a pasta térmica, a compilação leva 4 minutos, mas a CPU ainda chega a 95C, então eu pedi um Cooler Master 212 EVO ao invés do cooler padrão da Intel que temos agora.
Eu adivinho o departamento de TI. deve uma rodada de cerveja para não construir o computador corretamente.
Obrigado pela ajuda a todos!