Não com o apt-get, mas:
aptitude reinstall '~i'
significa "reinstalar todos os pacotes instalados".
No entanto, isso NÃO substituirá os arquivos de configuração ausentes ou alterados ou outros arquivos de configuração se eles estiverem faltando, já que o debian assume que, se um arquivo de configuração estiver ausente ou alterado, é por um bom motivo. Existem várias maneiras de recuperar arquivos de configuração, mas isso depende, infelizmente, de como o pacote que está faltando nos arquivos de configuração está configurado. Se houver a possibilidade de que os arquivos de configuração estejam ausentes ou corrompidos, provavelmente você deve reinstalar a partir da mídia de instalação.