Se você estiver usando o VMware Workstation (ou o VMware vSphere), há maneiras específicas de lidar com o tempo em suas máquinas virtuais (Linux) . No entanto, isso não é suficiente para sua situação de sono. O NTP dentro do guest-only não ajuda aqui.
É absolutamente necessário instalar as ferramentas guest do VMware nas máquinas virtuais convidadas e garantir que o NTP seja executado no host. Isso consertará o problema do sono e o desvio que ocorre quando o convidado é suspenso.
Editar:
Ah, é o Ubuntu ... Eu acho que muitos usuários do Ubuntu não instalam o conjunto de ferramentas nativas do VMware. Aqui estão os passos (e um vídeo) para faça isso.