Obrigado por me ajudar, eu tenho idéia de corrigir o problema dos diretórios do usuário, estou usando a variável $ remote_user no arquivo de configuração principal do nginx, Nginx captura o nome do usuário na variável $ remote_user enquanto usamos autenticação básica. use os diretórios do usuário se incluirmos desta maneira:
/home/$remote_user/..