Iniciar o programa com a Política de Grupo Local não é, provavelmente, a melhor maneira de fazer o que você está procurando.
Em ambientes de Serviços de Terminal, geralmente um usa o processamento de Diretiva de Grupo de Loopback (no modo Mesclar ou Substituir) para aplicar um conjunto de configurações de diretiva de usuário a usuários que efetuam logon no computador do Terminal Server. Para "Administradores", normalmente seria "Negar" o direito "Aplicar diretiva de grupo" ao GPO que contém as configurações que não são apropriadas para usuários "Administrador" (como iniciar um programa automaticamente no logon).
A funcionalidade Objeto de Diretiva de Grupo Local Múltiplo (MLGPO) pode acomodar o que você quer, mas eu desencorajo as pessoas a usá-lo em ambientes de domínio. Geralmente, é melhor colocar seus GPOs no Diretório porque, no futuro, você pode ter um servidor diferente (ou vários) na função Terminal Server. Usando GPOs no Diretório significa que você só precisa colocar novos computadores do Terminal Server na unidade organizacional correta para que eles "façam a coisa certa", em vez de precisar replicar manualmente as configurações de MLGPO "manualmente" entre as máquinas. (Em geral, você só deve querer fazer uma determinada coisa ...)