Sim, há sobrecarga de espaço e isso depende do tipo de VHD.
Para um VHD fixo, há um rodapé de 512 bytes após a imagem de disco bruta.
Para um VHD dinâmico, é apenas um pouco mais complicado. O tamanho do VHD é igual ao tamanho dos dados reais gravados nele, além do tamanho do cabeçalho e rodapé.
No seu exemplo, seu VHD de disco fixo consumiria (1TB + 512 bytes) do espaço total. Um VHD dinâmico do mesmo tipo consumiria (1TB + (2 * 512 bytes)) do espaço total.
Você pode ler sobre a especificação do VHD aqui (Word .doc).