Há muito trabalho envolvido apenas em descobrir o que você realmente fez e muito menos fazer recomendações específicas, mas para você começar ...
Você certamente deve planejar o uso do LDAP para muitas das coisas de autenticação / autorização. Eu recomendaria o GoSA como uma solução plug-and-play.
O NFS como um sistema de compartilhamento de arquivos torna muito fácil dissociar usuários de máquinas individuais - mas o NFS não é um sistema de arquivos de rede muito seguro e tem outros problemas também .
Eu não tentei a mim mesmo, mas você pode querer pesquisar usando o SMB para diretórios home de usuários - existe um módulo pam que lida com a montagem de drives.
Se todos os clientes forem baseados em linux - então você pode considerar usar scp para acesso a arquivos compartilhados - a maioria dos gerenciadores de arquivos modernos serão executados em cima do ssh (eu uso principalmente o KDE - onde todos os arquivos podem ser roteados através de wrappers).
Para impressão - copos. Não é tão bem integrado com o LDAP como provavelmente deveria ser - mas para a maioria dos propósitos isso não é um problema tão grande. E a única alternativa real é o sistema de impressão BSD - que não é melhor para integração e perde a facilidade de configuração (IMHO - por favor, não atire - eu ainda uso o BSD lpd para gerenciar enfileiramento de coisas que não são impressoras como fax).
Existem muitas ferramentas para gerenciar várias máquinas de software. O cenário da Canonical vale bem a pena - especialmente se você estiver planejando usar o Ubuntu de qualquer maneira. Você não diz quantos está falando. Eu recomendaria configurar um servidor ssh em cada caixa e um servidor GUI (X, VNC, FreeNX).
Documents & PIM sharing/storage system
Oooh, é difícil dar uma resposta definitiva. Kolab + Kontact? Evolução + ....? Zimbra Estes irão fornecer o compartilhamento de documentos de e-mail / PIM / calendário é uma coisa diferente altogther.