Na linha de comando, você pode usar
dconf dump /org/compiz/profiles/unity/ > ccsm.cfg
para salvar as configurações do CCSM em ccsm.cfg
e restaurá-las usando
dconf load /org/compiz/profiles/unity/ < ccsm.cfg
Para a configuração da ferramenta de teca por unidade, depende do que você alterou, pois configurações diferentes são armazenadas em locais diferentes.
Unsettings é outra ferramenta de configuração do Unity (escrita por mim) que permite salvar suas configurações em e carregar de um arquivo. Não suporta todas as opções que as ferramentas de ajuste de unidade têm, mas talvez tenha as que você precisa.