Se é um controlador de domínio solitário (o único na floresta), então você geralmente está OK para usar ferramentas de clonagem, desde que o servidor seja encerrado no momento em que é clonado.
O servidor original deve ser destruído se o clone for colocado on-line, já que os dois não podem coexistir. O servidor clonado também será válido por um curto período, porque os clientes do domínio têm credenciais que usam para conversar com o domínio e atualizam silenciosamente essas credenciais com bastante regularidade. Isso significa que, se você colocar seu DC clonado on-line e um cliente tiver atualizado suas credenciais desde que o clone ocorreu, seu cliente não irá mais falar com seu domínio.
Então muitas advertências. O conselho geral é que, a menos que seu domínio não seja importante (por exemplo, apenas usado para algum desenvolvimento), não faça clones de CDs.