Embora eu concorde que você deva aproveitar esta oportunidade para avaliar as razões da compilação específica do PHP, se você realmente precisa clonar o servidor, você pode procurar em software de imagens.
Você não menciona qual SO este servidor é, nem especifica seu host, mas o Acronis é um ótimo software que eu recomendo muitas vezes sinto que trabalho para eles. Isso pode ser útil se o servidor for o Windows, pois irá abstrair a camada de hardware para permitir a restauração de um novo hardware.
No entanto, se este for um servidor baseado em Linux, você pode provavelmente carregar todo o diretório (tar -zcvf /some/path/andfile.tar.gz /), copiá-lo para o novo servidor em execução em um live CD e extraia o conteúdo para a unidade.
Se essas opções não parecerem viáveis, talvez forneça mais detalhes sobre seus servidores. Mais uma vez, sua melhor aposta é ver se você pode levar as coisas de volta para uma instalação mais padrão.