A opção de colocar todas as suas máquinas de teste em uma instalação isolada do Active Directory é uma opção?
Você pode implantar políticas de grupo para coisas como a home page padrão do IE, e também pode implantar softwares - eu implemento o Adobe Reader, o Flash Player etc. em nosso escritório de ~ 200 computadores sem problemas. deve estar morto fácil.
Para qualquer outro software, você pode implantar arquivos MSI usando a política de grupo com muita facilidade e, com um pouco de mágica de script, às vezes, também é possível implantar software não-MSI (mas isso depende totalmente do instalador).