Existe um patch não oficial para o openssh para isso. Você pode encontrá-lo aqui .
Você também pode usar um gerenciador de configuração (como puppet ou cfengine) para gerenciar e distribuir as chaves, possivelmente até mesmo puxando-as do LDAP.
Caso contrário, você pode atualizar um trabalho CRON ad-hoc para atualizar as chaves do LDAP.