O problema é que liguei meus hosts ESXi antes da SAN, para que as VMs não fossem "totalmente" registradas. Um simples vmotion entre hosts corrigiu o problema.
Eu observei todos os diferentes níveis no vCenter (servidor, datacenter, cluster, VM individual) e não há alarmes sendo relatados, mas o ícone de alarme persiste.
Tudo isso começou quando precisei desligar meus hosts ESXi e SAN para algumas atualizações na minha dataroom. Quando liguei as coisas, conectei-me pela primeira vez a um dos hosts do ESXi com o cliente vSphere em meu desktop para ligar um controlador de domínio e, em seguida, algumas outras VMs. Em seguida, conectei-me ao outro host do ESXi e liguei mais alguns (mas não todos).
Após alguns minutos, entrei no servidor VC (sim, é uma VM no momento), conectei-me ao vCenter com o cliente e, em seguida, liguei mais algumas VMs. Neste ponto, notei os ícones de alerta nas VMs anteriormente ativadas.
Parece que o "problema" é que eu iniciei as VMs de um cliente conectado diretamente a um host, e não através do VC.
Desligar e ligar as VMs não resolve o problema.
Desconectar o host da VM do vCenter e reconectá-lo também funciona. Obviamente, ao desconectar um host, você perde estatísticas e outros dados, mas isso funciona em cenários simples.