Você tem duas opções: mover todas as VMs desalinhadas para um datastore criado especificamente para esse desalinhamento ou consertar todas as VMs.
Se você decidir consertar as VMs, meu entendimento é que você precisará reinicializar os servidores. Aqui está um link do Netapp no qual você pode começar a pesquisar se decidir interromper. mbrscan e mbralign são as ferramentas necessárias.
Se você não puder fazer uma interrupção ainda e decidir criar um novo armazenamento de dados, precisará ler isso . Você terá um LUN separado para cada tipo de deslocamento, mas poderá compensar seu tempo e agendar interrupções para realinhamento quando ele for menos prejudicial. Lembre-se de que, depois de colocar uma VM ativa em um LUN especialmente compensado, você não poderá colocá-la em ação até corrigi-la, a menos que esteja disposto a conviver com o desempenho ruim.