Você não diz qual sistema operacional ou se as duas placas estão no mesmo tipo de slot.
No Windows, uma grande área de trabalho virtual, abrangendo vários monitores, pode ser configurada independentemente da maneira como você os conecta em suas circunstâncias. Eu não tenho nenhuma experiência multimon no Linux e esqueci o que sabia sobre o OS X.
Independentemente do sistema operacional, eu acho que algumas operações que abrangem os dois monitores teriam melhor desempenho se ficassem em uma placa e não envolvessem o barramento ou o sistema operacional. Por isso, recomendo que você use um cartão até obter mais monitores.No entanto, o desempenho depende da combinação específica de fatores em uma configuração específica. O sistema operacional, drivers, tipo (s) de slot, velocidade de barramento, etc., todos interagem. A única maneira de dizer com certeza sem fazer um benchmark bem projetado. Eu encontraria algo que faz muito OpenGL e exibe a taxa de quadros. Execute-o para que ele cubra os dois monitores (se ele permitir) e tente em cada configuração em potencial.